با توجه به آنچه ذکر شد وقتی در قانون اساسی ما بر ولایت مطلقه فقیه تاکید شده است؛ معنی آن این است که ولی فقیه مانند امام معصوم حق و وظیفه‌ی اداره‌ی اجتماع را دارد. از همین رو در قانون اساسی در اصل ۵۷ که به ولایت مطلقه‌ی فقیه تصریح می‌کند آمده است:
«اصل پنجاه و هفتم: قوای حاکم در جمهوری اسلامی ایران عبارتند از: قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضائیه که زیر نظر ولایت مطلقه امر و امامت امت بر طبق اصول آینده این قانون اعمال می گردند. این قوا مستقل از یکدیگرند.»
مطابق این اصل همه‌ی قوای موجود در نظام جمهوری اسلامی موظف هستند که زیر نظر ولایت مطلقه‌ی امر و و امامت امت عمل کنند. از این جهت در قانون اساسی جمهوری اسلامی مشکلی از جهت قانونی برای تبعیت مسئولان از اوامر ولی فقیه وجود ندارد؛ اگر در جایی مسئولان امر در قوای مختلف از ولی فقیه تبعیت نمی‌کنند اشکال به قانون اساسی و وجود آن بر نمی‌گردد؛ بلکه به نوع مسئولانی که بر سر کار آمده‌اند و عمل آنها بر می‌گردد که در عمل چنان که باید تابع ولی فقیه هستند و یا خیر.
با توجه به آنچه ذکر شد جواب بخشی از سوال یا شبهه‌ای که مطرح شده بود مشخص شد. در کنار این امر باید به نکات زیر هم در تدوام این پاسخ اشاره کرد:
وظایف و اختیارات رهبری و استقلال قوا در قانون اساسی
اصل پنجاه و هشتم قانون اساسی بیان می‌دارد که: «اِعمال قوه مقننه از طریق مجلس شورای اسلامی است که از نمایندگان منتخب مردم تشکیل می شود.»
اصل شصتم قانون اساسی وظایف قوه مجریه را در جمهوری اسلامی مشخص می‌کند: «اِعمال قوه مجریه جز در اموری که در این قانون مستقیما بر عهده رهبری گذارده شده، از طریق رئیس جمهور و وزراء است.»
و اصل شصت و یکم قانون اساسی بیان می‌کند: «اِعمال قوه قضائیه به وسیله دادگاه های دادگستری است که باید طبق موازین اسلامی تشکیل شود و به حل و فصل دعاوی و حفظ حقوق عمومی و گسترش و اجرای عدالت و اقامه حدود الهی بپردازد.»
این سه اصل نشان می‌دهد که برای هر بخش مهم از مسئولیت‌های کشور قوه‌ای شکل یافته است که البته این سه قوه به نوعی از یکدیگر مستقل هستند اما هر سه زیر نظر ولی فقیه قرار دارند. از این جهت استقلال قوا مانعی در برابر تبعیت مسئولان امر از ولی فقیه نیست. اما از سوی دیگر وقتی وظایف و اختیارات رهبری در قانون اساسی احصاء شده است؛ این امر به معنی آن است که رهبری ابتدا به ساکن در نحوه‌ی اِعمال قوای سه گانه دخالت جداگانه نخواهد داشت.
اصل یکصد و دهم قانون اساسی به نحوی احصائی همه‌ی اختیارات و وظایف اولیه‌ی رهبری در نظام جمهوری اسلامی را بر شمرده است. از این جهت با توجه به این اصل می‌توان گفت که مردم چه انتظاراتی را باید از رهبری داشته باشند و چه انتظاراتی را نباید اولا از رهبری مطالبه کنند. این اصل چنین نوشته شده است:
«اصل یکصد و دهم: وظایف و اختیارات رهبر:
۱ – تعیین سیاستهای کلی نظام جمهوری اسلامی ایران پس از مشورت با مجمع تشخیص مصلحت نظام.
۲ – نظارت بر حسن اجرای سیاستهای کلی نظام.
۳ – فرمان همه پرسی.
۴ – فرماندهی کل نیروهای مسلح.
۵ – اعلام جنگ و صلح و بسیج نیروها.
۶ – نصب و عزل و قبول استعفای : الف – فقهای شورای نگهبان. ب – عالیترین مقام قوه قضائیه. ج – رئیس سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران. د – رئیس ستاد مشترک. هـ – فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی. و – فرماندهان عالی نیروهای نظامی و انتظامی.
۷ – حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه گانه.
۸ – حل معضلات نظام که از طرق عادی قابل حل نیست، از طریق مجمع تشخیص مصلحت نظام.
۹ – امضا حکم ریاست جمهوری پس از انتخاب مردم. صلاحیت داوطلبان ریاست جمهوری از جهت دارا بودن شرایطی که در این قانون می آید، باید قبل از انتخابات به تأیید شورای نگهبان و در دوره اول به تأیید رهبری برسد.
۱۰ – عزل رئیس جمهور با در نظر گرفتن مصالح کشور پس از حکم دیوان عالی کشور به تخلف وی از وظایف قانونی، یا رای مجلس شورای اسلامی به عدم کفایت وی بر اساس اصل هشتاد و نهم.
۱۱ – عفو یا تخفیف مجازات محکومین در حدود موازین اسلامی پس از پیشنهاد رئیس قوه قضائیه.
رهبر می تواند بعضی از وظایف و اختیارات خود را به شخص دیگری تفویض کند.»
مطابق این اصل قانون اساسی وظایف و اختیارات رهبری مشخص شده است. البته چنان که ذکر شد رهبری به واسطه‌ی ولایت مطلقه در جایگاهی قرار دارند که سایر قوای کشور و مسئولان آن نیز زیر نظر ایشان قرار دارند، اما این امر به معنی دخالت دائمی و مستمر رهبری در امور سایر قوا نیست. چنین کاری در عمل نیز ممکن نیست که رهبری بخواهد در همه‌ی تصمیمات و همه‌ی امور کشور دخالت مستقیم داشته باشد و در صورت امکان نیز چنین کاری پسندیده و خوب نیست که نظامی کاملا فردی ایجاد شود و یک نفر بدون کمک و دخالت دیگران مسئول همه‌ی امور کشور گردد. مقام معظم رهبری خود در این رابطه به صراحت بیان می‌دارند: «در واقع رهبری، یک مدیریت کلان ارزشی است. همین‌طور که اشاره کردم، گاهی اوقات فشارها، مضیقه‌ها و ضرورت‌ها، مدیریت‌های گوناگون را به بعضی از انعطاف‌های غیر لازم یا غیر جایز وادار می‌کند؛ رهبری بایستی مراقب باشد، نگذارد چنین اتفاقی بیفتد. این مسئولیتِ بسیار سنگینی است. این مسئولیت، مسئولیت اجرایی نیست؛ دخالت در کارها هم نیست. حالا بعضی‌ها دوست می‌دارند همین‌طور بگویند؛ فلان تصمیم‌ها بدون نظر رهبری گرفته نمی‌شود. نه، این طور نیست. مسئولین در بخش‌های مختلف، مسئولیت‌های مشخصی دارند. در بخش اقتصادی، در بخش سیاسی، در بخش دیپلماسی، نمایندگان مجلس در بخش‌های خودشان، مسئولان قوه‌ی قضائیه در بخش خودشان، مسئولیت‌های مشخصی دارند. در همه‌ی اینها رهبری نه می‌تواند دخالت کند، نه حق دارد دخالت کند، نه قادر است دخالت کند؛ اصلاً امکان ندارد. خیلی از تصمیم‌های اقتصادی ممکن است گرفته شود، رهبری قبول هم نداشته باشد، اما دخالت نمی‌کند؛ مسئولینی دارد، مسئولینش باید عمل کنند. بله، آنجایی که اتخاذ یک سیاستی منتهی خواهد شد به کج شدن راه انقلاب، رهبری مسئولیت پیدا می‌کند. در تصمیم و عملِ رهبری باید عقلانیت در خدمت اصول قرار بگیرد، واقع‌بینی در خدمت آرمان‌گرایی‌ها قرار بگیرد.» (بیانات امام خامنه‌ای در دیدار با دانشجویان کرمانشاه ، ۲۴/۷/۱۳۹۰)
از این بیان مشخص میشود که رهبری مطابق قانون اساسی که خود به اجرای آن و الزام آن حکم کرده‌اند برای هر یک از قوای کشور مسئولیت‌هایی قائل هستند که آن مسئولین و صاحبان آن مسئولیتها معمولا با دخالت مردم مشخص می‌شوند و ابتدائا رهبری نه قصد دخالت در کار قوا را دارد و نه دخالت در همه‌ی امور آنها را درست می‌دانند و نه ممکن.
البته باید توجه داشت که اقتضاء جایگاه رهبری آن است که گاهی که در امری کوتاهی جدی صورت می‌گیرد و مصلحت بزرگی در حال فوت شدن و از دست رفتن است در کار آن قوه وارد شده و دستورات لازم را بدهند. مثلا در سال ۱۳۹۰ وقتی که در برکناری وزیر اطلاعات از سوی رئیس جمهور وقت مصلحت مهمی نادیده گرفته شده بود رهبری ورود کردند و در همان زمان نیز خاطر نشان کردند که: «بنده‌ى حقیر هم طبق اصول بنا ندارم در کارها و تصمیمهاى دولت وارد شوم. خب، مسئولیتها در قانون اساسى مشخص است؛ هر کس مسئولیتى دارد؛ مگر آنجائى که احساس کنم یک مصلحتى دارد تفویت میشود؛ مثل این که در همین قضیه‌ى اخیر (برکناری وزیر اطلاعات) اینجورى بود؛ انسان احساس می‌کند یک مصلحت بزرگى دارد مورد غفلت قرار می‌گیرد، تفویت میشود؛ خب، انسان وارد میشود که جلوى این تفویت مصلحت را بگیرد. این، مسئله‌ى مهمى نیست، نظائرش هم اتفاق مى‌افتد.» (۳ /اردیبهشت/ ۱۳۹۰؛ بیانات در دیدار هزاران نفر از مردم استان فارس)
مثال دیگری در این زمینه برگزاری جلسه‌ی اقتصادی اخیر رهبر معظم انقلاب اسلامی با مسئولان قوه‌ی مجریه است که در آن رهبری به علت بر هم خوردن وضعیت اقتصادی و فشاری که به اقشار مستضعف کشور وارد شده است مسئولان اجرایی کشور را دعوت کردند و با تذکرات و راهنمایی‌هایی خواستار برگرداندن ثبات و ایجاد آرامش برای مردم شدند. نگاهی به توصیه‌ها و تذکرات و بازخواست‌های رهبری در این دیدار به خوبی نشان می‌دهد که رهبر معظم انقلاب که اولا دخالتی در تصمیم‌گیری‌های اجرایی دولت ندارند، وقتی دیدند که التهاباتی در بازارهای کشور ایجاد شده است و فشار اقتصادی مضاعفی بر مردم وارد میشود به این مساله ورود کرده و با ارائه‌ی راه‌حل‌ها و توصیه‌هایی از دولت خواستند که معیشت مردم را به درستی اداره کرده و در اقتصاد کشور ثبات ایجاد شود.
از این رو دخالت رهبری در سایر قوا امری دائمی نیست. چنان که برخی متخصصان در این باره بیان داشته‌اند: «رهبری «اجازه» بهره‌گیری از اختیارات مطلقه در اداره کشور را دارد، ولی به این معنا نیست که لزوماً «امکان» این امر نیز در اختیار او باشد. اجازه مطلقه بودن ولایت متکی به نص است، اما امکان آن متکی به شرایط، ازجمله مهم‌ترین آنها که آمادگی پذیرش آن در خواص و آحاد امت است. می‌دانیم که نظام جمهوری اسلامی ایران نظامی بر پایه مردم‌سالاری دینی است و مردم نظام را متعلق به خود می‌دانند. اگر براثر القائات دشمن شائبه نقض مردم‌سالاری دینی در افکار عمومی ایجاد شود، موجبات گسست میان امام و امت فراهم آمده و اصل نظام آسیب می‌بیند. همچنین حضرت امام خمینی (ره) و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله‌العالی) در سیره حکومتی خود دو اصل را همواره مدنظر داشته‌اند :
۱- دادن فرصت انتخاب‌گری به مردم برای مشارکت‌جویی بیشتر در حاکمیت و نیز تجربه آموزی در انتخاب‌های مختلف که با تنفیذ مکرر آرای مختلف مردم در انتخابات ریاست جمهوری تبلور یافته است.
۲- استفاده حداقلی و صرفاً اضطراری از اختیارات ولایت مطلقه و حکم حکومتی و عمدتاً به‌صورت مقطعی و با حدود معین… مطلقه بودن ولایت به معنای درهم‌ریختگی ساختار و بی‌انضباطی در حکمرانی نیست. در ساختار قانون اساسی نیز مسیرهایی جهت اِعمال این حق وجود دارد. همان‌گونه که ذکر شد مطابق اصل ۱۱۰ قانون اساسی «حل معضلات نظام که از طرق عادی قابل‌حل نیست،» بر عهده رهبری است، البته قیدی دارد و آن «از طریق مجمع تشخیص مصلحت نظام» است. این بدان معناست که تمایل اولیه قانون‌گذار بر حل مشکلات باخرد جمعی و با مشارکت کارگزاران نظام است. بر این اساس است که اتفاقاً بیشتر احکام حکومتی امام و رهبر معظم انقلاب اسلامی بر اساس درخواست خود مسئولان قوا صادرشده است.»
به طور خلاصه می‌توان بیان داشت که بر خلاف نظر کسانی که شبهه‌ی مطرح در بالا را ذکر کرده‌اند، در نظام جمهوری اسلامی مسئولیت هر یک از قوا در حیطه‌ی اختیارات خود کاملا محترم و مورد توجه است و در کنار آن هر قوه باید پاسخگوی اعمال و اقدامات خود نیز باشد و رهبری نیز در حیطه‌ی اختیارات خود کاملا مسئول و پاسخگوی مردم است و در جایی که مسئولان قوا در انجام وظایف خود کوتاهی آشکاری داشته باشند رهبری وظیفه‌ی خود می‌بیند تا از اختیارات خود برای حل مشکلات و معضلات مردم ورود کند. اما همه‌ی اینها به آن معنی نیست که به صرف دستور رهبری مشکلات حل میشود و معضلی باقی نمی‌ماند.